Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.
Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2024-33439
Description de l'unité
L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry.
Le Genoscope est un acteur principal de la génomique en France, en particulier pour le développement du séquençage massif d'ADN et des techniques d'analyses bio-informatiques. Il s'attache principalement au développement de projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. L'Unité Mixte de Recherche Génomique Métabolique qui lui est associée conduit des projets pluridisciplinaires de recherche fondamentale, qui s'appuient sur des compétences clés en bio-informatique, biocatalyse, ingénierie métabolique, enzymologie et métabolomique. L'UMR est impliquée dans plusieurs consortia internationaux tels que Tara Océan (https://fondationtaraocean.org/) et ERGA (https://www.france-genomique.org/projet/erga-pilot/). Au sein de l'UMR, le Laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme s'intéresse particulièrement à l'interprétation fonctionnelle des génomes procaryotes et explore les réactions chimiques du vivant avec un objectif fondamental majeur : la compréhension approfondie du métabolisme des procaryotes.
Le Genoscope est implanté à Evry (91), 30 km au sud de Paris.
Le CEA est un acteur engagé dans l'accueil l'insertion et le maintien dans l'emploi des salariés en situation de handicap.
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
Stage
Intitulé de l'offre
Stage Master Recherche en Métabolomique H/F
Sujet de stage
Analyse du métabolisme de l'homarine par une approche métabolomique (chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution) chez la bactérie marine Ruegeria pomeroyi DSS-3
Durée du contrat (en mois)
6 mois
Description de l'offre
La matière organique produite et consommée par les micro-organismes marins constitue la base des écosystèmes marins. Les bactéries y transforment ~25 pétagrammes/an de carbone provenant du pool de carbone organique dissous labile. Ce pool est fait de métabolites à cycle rapide qui sont assimilés par les bactéries marines comme source de carbone; ils sont transférés entre les microbes en quantités qui soutiennent les cycles géochimiques du carbone et de l'azote.
Pourtant, la diversité de ces biomolécules et leurs voies métaboliques restent mal connues : nombre de ces métabolites n'ont pas de voies biosynthétique et/ou catabolique annotées. Parmi eux, l'homarine est un composé abondant produit par le phytoplancton (jusqu’ à 3 nM dans les océans). L’absence d'informations génétiques sur sa synthèse et sa dégradation limite notre capacité à déduire les sources et les puits de ce composé abondant et son implication dans le cycle du carbone.
Ruegeria pomeroyi DSS-3 est une bactérie du clade Roseobacter dont les membres peuvent représenter 20 % du plancton bactérien de la couche mixte côtière et océanique. DSS-3, cultivée au laboratoire, utilise l'homarine comme source de carbone.
Le laboratoire veut élucider la voie de dégradation de l’homarine chez DSS-3, des gènes et des enzymes aux métabolites. Cette voie sera étudiée ici via une analyse métabolomique par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Cette approche qui permet de caractériser simultanément un grand nombre de petites molécules dans un échantillon biologique est un outil de choix pour identifier les catabolites de l’homarine.
Expérimentalement, le stage consistera en deux parties:
- La préparation des échantillons : vous développerez un protocole pour l’extraction des métabolites intracellulaires de DSS-3 ainsi que pour leur séparation par chromatographie.
- L’analyse des données : A partir d’une approche comparative non ciblée, vous évaluerez la différence de profil métabolomique entre des métabolomes de DSS-3 provenant de cellules cultivées sur glucose (contrôle) et ceux issus de cellules cultivées sur homarine (test).
La détection des changements dans les spectres de masse se fera avec le logiciel XCMS (R) ; les signaux (m/z) spécifiques aux échantillons « homarine » étant de potentiels catabolites de l’homarine. Vous utiliserez la masse précise des ions candidats pour interroger la base de données KEGG pour leur proposer une identité. Leur identité sera confirmée en comparant leur temps de rétention sur la colonne chromatographique, leur masse précise et leur profil de fragmentation (MSn) avec ceux de composés de référence.
Ce travail, indispensable élucider la voie de dégradation de l’homarine, servira de base à de futurs travaux (notamment en termes de modélisation des flux) sur l’impact de ce composé dans les communautés microbiennes marines.
Merci d’envoyer votre candidature à Mr Perret : aperret@genoscope.cns.fr et Mme PERCHAT : demange@genoscope.cns.fr
Profil du candidat
Vous souhaitez mettre en pratique vos apprentissages théoriques et recherchez un stage conventionné d'une durée de 6 mois, dans le cadre d'une formation de niveau Bac+5 de type Université ou Ecole d'Ingénieur. Vous appréciez le travail en laboratoire et avez de solides connaissances en chimie analytique. Des notions fondamentales en analyses statistiques seront appréciées.
Vous faites preuve de rigueur, d'un bon sens de l'analyse, d'esprit d'équipe et d'autonomie. Vous maitrisez les logiciels de bureautique (Word, Excel) et rédigez avec aisance.
Localisation du poste
Site
Fontenay-aux-Roses
Localisation du poste
France, Ile-de-France, Essonne (91)
Ville
EVRY
Critères candidat
Diplôme préparé
Bac+5 - Master 2
Formation recommandée
Niveau Bac+5 de type Université ou Ecole d'Ingénieur
Possibilité de poursuite en thèse
Oui
Demandeur
Disponibilité du poste
06/01/2025