Le poste proposé vise à répondre à la multitude de nouvelles sollicitations pour des collaborations dédiées à l’analyse du plissement cortical dans diverses pathologies cérébrales.

En sus de sa recherche méthodologique, l’équipe de recherche algorithmique de Neurospin pilote une plateforme nationale, l’UMS CATI, qui coordonne depuis 15 ans la logistique de la plupart des études de recherche clinique nationales nécessitant une collecte multicentrique d’images cérébrales. Ce rôle névralgique (une quarantaine d’études française et européennes sont supportées) a créé un climat de confiance entre l’équipe de Neurospin et de multiples consortia clinique pilotés par des leaders d’opinion de chaque domaine (Néonatologie, psychiatrie, démences, etc.). Les opportunités sont donc aujourd’hui légion et plusieurs financements obtenus récemment visent à cet objectif. Par exemple, le projet StratifyAging du PEPR Santé numérique affiche cet objectif en ce qui concerne plusieurs pathologies neurologiques rares d’origine génétique, dans le cadre d’une collaboration avec l’Institut du cerveau (ICM) : Huntington, Maladie de Charcot (SLA), diverses Ataxies, Démence FrontoTemporale. Le même objectif émergera dans le cadre du PEPR Santé mentale pour tester le versant développemental des syndromes psychiatriques, lorsque la collecte des images de la cohorte nationale French Minds organisée par le CATI aura été réalisée. Le nouveau responsable de la recherche clinique de Neurospin, D. Germanaud, est quant à lui à l’origine d’une multitude de nouvelles collaborations sur les pathologies neuro-développementales rares d’origine génétique. Il est en effet issu de cette communauté. Chacune de ces collaborations vise à l’exploitation des outils originaux d’analyse du plissement de Neurospin.

Rattaché(e) à une équipe d’analyse d’images, vous aurez la responsabilité de :

·        Gérer l’extraction des sillons corticaux de bases de données IRM de patients dans le cadre de multiple pathologies, en utilisant l’outil Morphologist de Neurospin.

·        En fonction des hypothèses propres à chacune des pathologies, mener pour quelques régions du cerveau une étude de la variabilité morphologique du plissement des malades, susceptible de caractériser la pathologie. Cette étude s’appuiera sur l’outil de machine learning dédié de Neurospin mettant en œuvre des techniques d’Isomap.

·        Collaborer avec les cliniciens à l’origine de l’étude pour mener à bien la publication des résultats.

·        Concevoir de nouveaux outils d’analyse de la géométrie du plissement cortical permettant d’enrichir le portfolio de Neurospin en s’inspirant des avancées de la biologie et des résultats obtenus avec les outils actuels.

·        Publier des articles méthodologiques décrivant les nouveaux outils mis au point.

·        Co-encadrer les étudiants susceptibles de contribuer à ce programme de recherche.

Vous êtes titulaire d’un BAC +5/+ 8 dans le domaine de la neuroimagerie.

Vous disposez de solides connaissances dans les techniques de machine learning usuelles dans ce domaine.

Vous avez une longue expérience des développements algorithmiques dédiés à l’étude de la morphologie du cortex.

Vous aimez travailler au sein d’équipes multiculturelles associant chercheurs informaticiens et cliniciens.